Berl Katznelson wurde in Bobrinsk, Weißrussland, geboren. Sein Vater, ein Kaufmann, war Mitglied der Chovevei Zion. Berl ging nur unregelmäßig in die traditionelle jüdische Schule, den Cheder, erhielt aber Privatunterricht und bildete sich selbst in der russischen Bibliothek des Vaters fort.
Katznelson wurde bald als begabter und unabhängiger Redner zu theoretischen Problemen des Nationalismus und Sozialismus bekannt. Er nahm zu Hause, wie auch in Kiew und Odessa an öffentlichen Diskussionen mit Führern der zionistischen Gruppen teil, darunter auch Ber Borochov. Katznelson schloss sich schließlich den Zionisten-Sozialisten unter Führung von Nahman Syrkin und anderen an.
Nachdem er die erforderliche Prüfung abgelegt hatte arbeitete er als Lehrer für hebräische Literatur und jüdische Geschichte an einer Schule für mittellose Mädchen. Zudem arbeitete er als Bibliothekar in der neu gegründeten hebräisch-jiddischen Bibliothek in Bobruisk.
Katznelson träumte seit seiner Kindheit von der Alijah nach Eretz Israel. Er beschloss daher ein Handwerk zu erlernen, das ihm und seiner Familie den Neuanfang ermöglichen sollte. Er arbeitete daher bei einem Blechschmied, als Graveur und in einer Gießerei. Nicht wirklich geeignet für derlei Arbeiten zog sich Katznelson deprimiert und krank zurück, konnte jedoch im Herbst 1908, nachdem er vom Militärdienst ausgemustert worden war, mit seinen Ersparnissen und einem Preis der Gesellschaft zur Förderung der Aufklärung die Reise antreten.
1909 in Palästina angekommen, arbeitete Katznelson zunächst in der Landwirtschaft und in einigen Arbeiterräten. In Ein Ganim teilte er sich ein Zimmer mit A. D. Gordon und Joseph Chaim Brenner, die seine engsten Freunde wurden.
Gemeinsam mit Meir Rotberg gründete er 1916 während der schwierigen Versorgungslage des Ersten Weltkriegs eine Genossenschaft für den Verkauf von Lebensmitteln, die er „haMaschbir“ nannte. Um den Gesundheitsproblemen der Arbeiter zu begegnen, half er, die „Kuppat Cholim“, die „Krankenkasse“, ins Leben zu rufen.
Zwischen 1918 und 1920 diente Katznelson in der jüdischen Legion als Freiwilliger. Dort traf er David Ben Gurion, der von Katznelsons Ruf nach Einheit der Arbeiterparteien begeistert war. Erst mit der Gründung der Mapai-Partei 1930 wurde diese Forderung Katznelsons umgesetzt.
Katznelson verfasste zahlreiche Programme und Arbeitspläne für die zionistische Arbeiterbewegung und führte Jugendseminare in Rechovot, am Carmel und in Ben Schemen durch.
Nach der Gründung der Gewerkschaft Histadrut 1920 wurde Katznelson als Chefredakteur des Organs „Dawar“ gewählt. Dawar erschien ab 1925 als Tageszeitung und wurde erst 1996 eingestellt. Die moralische Autorität Katznelsons und sein Einfluss auf die Redaktionsarbeiten machten die Zeitung zum spirituellen Führer für die Arbeiterklasse und zogen viele Leser von außerhalb der Bewegung an.
Katznelson sah im Jüdischen Nationalfonds die wichtigste Stütze für den Aufbau einer Arbeitergesellschaft. Er wurde als Direktor berufen und widmete sich bis zu seinem Lebensende intensiv dieser Arbeit. Dagegen weigerte er sich, der Zionistischen Exekutive beizutreten.
Katznelson war sehr daran interessiert, den Einfluss jüdischer Werte und der hebräischen Literatur zu erhalten. Oft stand er, auch unter Idealisten der Arbeiterbewegung, allein mit seiner Ansicht. Er war einer der wenigen innerhalb der säkularen Arbeiterkreise, die für die Einhaltung des Schabbat, koschere Histadrut-Küchen und Beschneidungen in den Kibbutzim eintrat.
Katznelson lehnte im Gegensatz zu Chaim Weizmann und David Ben-Gurion eine Teilung Palästinas, wie von der Peel Kommission 1939 vorgeschlagen, ab. Als die Briten 1939 der jüdischen Einwanderung immer feindlicher gegenüberstanden, wurde er zu einem der Initiatoren der „illegalen“ Einwanderung. Unter seiner Leitung sprangen seine Anhänger mit Fallschirmen in von den Nazis besetzten Gebieten ab, um jüdischen Überlebenden zu helfen. Zu Beginn des Zweiten Weltkrieges prophezeite Katznelson, die Juden würden aus dem Krieg mit einem jüdischen Staat hervorgehen. Er akzeptierte schließlich eine Teilung des Landes, um freie jüdische Einwanderung zu gewährleisten. Seine letzte Leistung war die Einrichtung und Leitung des Histadrut Verlages, Am Oved.
Berl Katznelson starb 1944 in Jerusalem und wurde am See Genezareth begraben.
Golda Meir schrieb über Berl Katznelson:
„In den Zwanziger-, Dreißiger- und frühen Vierzigerjahren, bis zu seinem Tod, fragte jeder in der Arbeiterbewegung zuerst: Aber was denkt Berl darueber? (…) Woran glaubte er? Wie die meisten von uns glaubte er daran, dass unsere Art des Sozialismus anders sein musste; dass wir dabei waren, eine Gesellschaft zu schaffen, und nicht nur eine Handelsunion; und dass der Klassenkampf in einer Gemeinschaft, die noch keine Klassen hatte, bedeutungslos war. Für ihn war der Zionismus eine der größten revolutionären Bewegungen der Welt, und er beschrieb ihn als den Angelpunkt, von dem die zeitgenössische jüdische Geschichte abhing. Zionismus bedeutete für ihn die totale Rebellion gegen jegliche Knechtschaft der Diaspora und die Schaffung einer arbeitenden jüdischen Bevölkerung, die auf allen Gebieten der Landwirtschaft und Industrie versiert ist.“