Spinoza wurde 1632 als Kind portugiesischer Juden, die vor der Inquisition in Portugal ins liberalere Holland geflohen waren, in Amsterdam geboren. Er erhielt den portugiesischen Namen Bento, den er auch als Geschäftsmann nutzte; als Jude trug er den hebräischen Namen Baruch und später nannte er sich als Gelehrter Benedictus de Spinoza. Alle Vornamen bedeuten dasselbe. Seit 1637 besuchte er die Schule Ez Chajim. Bald darauf verlor er 1638 seine Mutter. Als der Vater 1654 starb, übernahm er gemeinsam mit einem Bruder das väterliche Handelsgeschäft. Zu dieser Zeit hatte er aber bereits angefangen Latein zu lernen, - die damalige Sprache der Wissenschaft. Er hatte sich also auf die schwierige Suche nach der Wahrheit gemacht, was auch in seinem Fall zum Konflikt mit der Tradition und der Religion führte. 1656 wurde er mit dem Bann belegt und also aus der Jüdischen Gemeinde ausgeschlossen.

Erfand zunächst Anschluss in der Lateinschule von Franz van den Enden, in der außer Latein auch Mathematik und Philosophie gelehrt wurde. Dort konnte Spinoza zuerst ausführlich die Schriften Descartes', die moderne Mathematik und Optik studieren. Descartes hat ihm nach eigenem Bekunden in seinen Zweifeln einen neuen Weg aufgezeigt. Aber nach gründlicherem Studium schien ihm dieser Philosoph auf halbem Wege stehen geblieben und Spinoza verfasste deshalb um 1660 eigene philosophische Überlegungen. Sie sind uns nur in einer holländischen Abschrift überliefert: "Körte Verhandeling van God, de Mensch en deszelves welstand". Solche Abschriften kursierten unter den Freunden Spinozas. 1660 wurde Spinoza aus Amsterdam verbannt und ließ sich in Rhijnsburg nieder, wo er vom Linsenschleifen lebte, damals ein sehr neues und viel mathematische und optische Kenntnisse voraussetzendes Handwerk. Auch unterrichtete er Studenten der Leidener Universität in der noch verbotenen cartesischen Philosophie. Aus seinen Aufzeichnungen dazu entstand 1663 seine erste Veröffentlichung, eine Darstellung von Descartes' "Prinzipien der Philosophie" nach geometrischer Methode.

1663 übersiedelte er nach Voorburg, in die Nähe von Den Haag, dem Sitz der Regierung unter dem Ratspensionär de Witt. Vermutlich auf Wunsch der Regierungspartei um de Witt unterbrach Spinoza 1665 seine Arbeit an seiner eigenen Philosophie und wendete sich angesichts der politisch brisanten Situation in den Niederlanden der Ausarbeitung des "Tractatus theologico-politicus" zu. Diese Schrift, die 1670 anonym in Amsterdam, aber mit falschem Druckort, erschien, hat Spinoza in kürzester Zeit berühmt und berüchtigt gemacht, - weil er darin die Texte der Bibel wie einen historisch überlieferten Text mit historisch-kritischer Methode behandelt. Die dennoch unbezweifelbare Botschaft der Hl. Schrift ist allein deshalb göttlich zu nennen, weil sie die göttliche Lehre von der Nächstenliebe lehrt, die auch durch die Vernunft gefordert wird. Außerdem wird in diesem Buch die Demokratie erstmals in der Neuzeit als bestmögliche Staatsform dargestellt. Nach dem Sturz de Witts und der Machtübernahme durch Wilhelm von Oranien wird 1674 der "Tractatus theologico-politicus" verboten.