Obwohl bekannt ist, dass die Juden bereits im 8. Jh. in Litauen ansässig waren, begann die eigentliche Bedeutung der jüdische Bevölkerung Litauens erst mit der Eroberung Konstantinopels durch die Türken im Jahre 1453. Die Juden gelangten in Polen und Litauen zu grossen wirtschaftlichen Erfolgen, und dadurch kam es im Jahre 1485 erstmals zu grossen Spannungen. 1495 erfolgte ein Dekret (Ausweisungserlass) zur Ausweisung der Juden aus dem gesamten litauischen Herrschaftsbereich, welches allerdings im Jahre 1503 unter Alexander - infolge der leeren Staatskasse und des bevorstehenden Krieges mit Russland - wieder aufgehoben wurde. Die rasche Entwicklung des jüdischen Geschäftslebens in Polen und Litauen führte zu immer grösseren Ausschreitungen und Spannungen. Gegen Ende des 17. Jh. richtete sich ein immer stärker werdender Bevölkerungsteil gegen die wirtschaftliche Vormachtstellung der Juden, was 1764 zum Ende der etwa zweihundert-jährigen jüdischen Selbstverwaltung führte.

In den ersten Jahren nach der Unabhängigkeit Litauens im Jahre 1918 genossen die Juden noch beachtliche Privilegien, vor allem eine kulturelle Autonomie. So hatten die Juden ihr eigenes hebräisches und jiddisches Schulsystem, das Recht auf freie Benützung ihrer Sprache, das Recht auf Sabbatobservanz sowie die Gleichstellung der Rabbiner mit allen anderen Geistlichen. Es existierte sogar ein Ministerium für jüdische Angelegenheiten, welches von dem Zionisten Max Soloweitschik aus Kauna geleitet wurde und die jüdischen Parteien bildeten einen "Nationalrat". 1924, als die jüdische Gemeindeverwaltung infolge dem Erstarken der nationalistischen Partei unter staatliche Aufsicht kam, wurde dieses Amt sowie der Nationalrat aufgelöst und die jüdische Autonomie für innere Angelegenheiten wurde drastisch eingeschränkt.

Durch die Schreckensherrschaft des II. Weltkrieges ist das jüdische Leben Litauens weitgehend verschwunden und von den ehemals über 200'000 Juden leben heute in Litauen nur noch 5'500 jüdische Menschen. Trotz der Emigration der Juden aus den baltischen Staaten versuchen die wenigen Überlebenden des Holocaust die Mosaiksteine der jüdischen Kultur zusammenzutragen. Im litauischen Telsiai besteht ein Projekt die im Jahre 1873 eröffnete Yeshiva wieder aufzubauen. Das Gebäude des jüdischen Museums in Vilnius, welches von der Regierung unterstützt wird, beherbergt eine ständige Sammlung mit Erinnerungsstücken der ehemaligen Grossen Synagoge.

Die Geschichte der Juden in Lettland hat sich unterschiedlich entwickelt. Während die jüdische Bevölkerung in den Provinzen Kurland (Kurzeme) und Semgallen (Zemgale) auch nach der Einverleibung in das russische Reich im Jahre 1795 weitgehend ihre Eigenständigkeit behielten, war es den Juden in der Provinz Livland mit ihrem Zentrum in Riga laut Kapitulationsurkunde, die 1561 zwischen Sigismund II. August, dem König von Polen, und dem Grossmeister des livonischen Ordens unterzeichnet wurde, nicht gestattet, irgendwelchen Handel zu treiben oder Abgaben oder Zölle zu erheben.

Im Jahre 1935 lebten über 43'000 Juden in Riga. Als die rote Armee 1944 aber Livland befreite, gab es in ganz Lettland nur noch 300 jüdische Überlebende.

In Estland hat es bis zur Mitte des 19. Jh. keine feste jüdische Gemeinde gegeben. Estnische Quellen aus dem 14. Jh. erwähnen zwar einzelne Juden (so den Bäcker Johannes Jode aus Reval, 1343), und man findet immer wieder Hinweise auf jüdische Gold- und Silberschmiede. Erst im Jahre 1865 erliess Zar Alexander II ein Gesetz, welches Juden mit Hochschulbildung das Recht zusprach, sich in Estland niederzulassen. Die erste jüdische Gemeinde entstand in Tallinn (Reval), wo 1883 die erste Synagoge gebaut wurde. Die zweite Synagoge folgte in Tartu (Dorpat) im Jahre 1901. Obwohl es in der Zwischenkriegszeit judenfeindliche Strömungen gab, gab es in Estland keinen öffentlichen Antisemitismus.

Beim Einmarsch der Deutschen im Jahre 1941 lebten in Estland etwa 4'500 Juden. Etwa 1000 Menschen überlebten den Holocaust. Noch rund 1'500 Juden leben heute in Estland, wovon ca. 1'200 in der Hauptstadt Tallinn. Trotz regem jüdischen Leben (jüdisches Gymnasium, Studentenverband, Makkabi und WIZO) fehlt aber heute immer noch an ein Rabbiner und eine Synagoge.